10 Consejos para trabajar con paquetes en r
Una de las características muy atractivas de R es que contiene una gran colección de terceros paquetes
Conteúdo
Hurgando los recovecos de CRAN
La Red Archivo R Integral (CRAN) es una red de servidores web de todo el mundo donde se puede encontrar el código fuente R, R manuales y documentación, y contribuido paquetes.
CRAN no hay un solo sitio web- que es una colección de servidores web, cada uno con una copia idéntica de toda la información en CRAN. Por lo tanto, cada servidor Web se llama espejo. La idea es que usted elige el espejo que se encuentra más cercano a donde estás, lo que reduce el tráfico internacional o larga distancia Internet. Puede encontrar una lista de CRAN refleja aquí.
Independientemente de que R interfaz que utilice, puede guardar permanentemente su espejo de CRAN preferido (y otros ajustes) en un archivo especial llamado .RProfile, situado en el directorio personal del usuario o el directorio de inicio R. Por ejemplo, para establecer el espejo Imperial College, Reino Unido como predeterminado CRAN espejo, incluir esta línea en su .RProfile:
Opciones (" repos " = c (CRAN = " http: //cran.ma.imperial.ac.uk/#148;))Encontrar paquetes interesantes
A principios de 2015, había más de 6.000 paquetes en CRAN. Eso significa que la búsqueda de un paquete para su tarea en cuestión puede parecer difícil.
Afortunadamente, un puñado de expertos voluntarios han recopilado algunos de los paquetes más utilizados en listas comisariada. Estas listas se denominan vistas de tareas CRAN. Usted puede encontrar vistas de tareas para las finanzas empírica, genética estadística, aprendizaje automático, aprendizaje estadístico, y muchos otros temas fascinantes.
Cada paquete tiene su propia página web en CRAN. En la página web para un paquete, usted encontrará un resumen, información sobre los paquetes que se utilizan, un enlace a la página web de paquete (si existe tal sitio), y otra información útil.
Instalación de paquetes
Para instalar un paquete de utilizar el install.packages () función. Este simple comando descarga el paquete de un repositorio especificado (por defecto, CRAN) y lo instala en su máquina:
> Install.packages (" fortunas ")Tenga en cuenta que el argumento de install.packages () es una cadena de caracteres. En otras palabras, no olvide las comillas alrededor del nombre del paquete!
En Rgui, así como en RStudio, a encontrar un comando de menú para hacer lo mismo:
En Rgui, elija Paquetes-Instalar paquete (s).
En RStudio, elija Herramienta-Instalar paquetes. . . .
Paquetes Cargando
Para cargar un paquete, se utiliza el biblioteca () o require () función. Estas funciones son idénticas en sus efectos, pero difieren en el valor de retorno:
biblioteca (): Invisible devuelve una lista de los paquetes que están conectados, o se detiene con un error si el paquete no es en su máquina.
require (): Devoluciones CIERTO si el paquete fue unido con éxito y FALSO que no.
La documentación R sugiere que biblioteca () es la manera preferida de paquetes de carga en los guiones, mientras que require () se prefiere dentro de funciones y paquetes.
Por lo tanto, después de instalar el paquete fortunas se carga de esta manera:
> Biblioteca (" fortunas ")Tenga en cuenta que usted no tiene que citar el nombre del paquete en el argumento de biblioteca (), pero es una buena práctica para citar siempre el nombre del paquete.
Aunque es posible para descargar un paquete dentro de una sesión de R mediante el uso de la separar () función, en la práctica, por lo general es mucho más fácil simplemente reinicie su sesión de R.
Leer el manual del paquete y viñeta
El manual de paquete es una colección de todas las funciones y demás documentación del paquete. Puede acceder al manual de dos maneras. La primera forma es utilizar el Ayuda argumento a la biblioteca () función:
> Library (help = " fortunas ")
La segunda manera es encontrar el manual en la página web del paquete. Si apunta la ventana del navegador a la página de CRAN para el paquete de fortunas, te darás cuenta de un enlace al manual hacia la parte inferior de la página.
Sea cual sea el método que elija, el resultado es un documento PDF que contiene el manual del paquete.
Algunos autores paquete también escriben una o más viñetas, documentos que ilustran cómo utilizar el paquete. Una viñeta normalmente muestra algunos ejemplos de cómo utilizar las funciones y cómo empezar. La clave es que una viñeta ilustra cómo utilizar el paquete con el código de R y de salida, al igual que este libro.
Para leer la viñeta para el fortunas paquete, intente lo siguiente:
> Viñeta (" fortunas ")Actualización de paquetes
Para asegurarse de que dispone de la última versión de un paquete, utilice update.packages ():
> Update.packages ()
Esta función se conecta a CRAN (por defecto) y comprueba si hay actualizaciones para todos los paquetes que ha instalado en su máquina. Si los hay, se le preguntará si desea actualizar cada paquete, y luego descarga el código e instala la nueva versión.
Si agrega update.packages (informarse = FALSO), R actualiza todos los paquetes fuera de la fecha en la ubicación actual de la biblioteca, sin preguntarle. También, se puede decir update.packages () mirar a un repositorio que no sea CRAN cambiando el repos argumento. Si el repos argumento apunta a un archivo en su equipo (o red), R instala el paquete de este archivo.
Tanto Rgui y RStudio tienen opciones de menú que le permiten actualizar los paquetes:
En Rgui, elija Paquetes-Update paquete (s).
En RStudio, elija Herramientas-Buscar actualizaciones del paquete. . . .
Ambas aplicaciones permiten seleccionar gráficamente paquetes para actualizar.
Seguir adelante con R-Forge
Aunque no es una verdad universal, paquetes de CRAN tienden a tener un nivel mínimo de madurez.
Así que, ¿de dónde viven los paquetes que se encuentran en el ciclo de desarrollo? Muy a menudo, viven en R-Forge. R-Forge ofrece a los desarrolladores una plataforma para desarrollar y probar sus paquetes R. Por ejemplo, R-Forge ofertas
Un sistema de generación y verificación en los sistemas operativos Windows y Linux (Mac OSX no es compatible)
El control de versiones
Sistemas Bug-informe
Copia de seguridad y administración
Para instalar un proyecto de R-Forge, también utiliza el install.packages () funcionar, pero hay que especificar el repos argumento. Por ejemplo, para instalar la versión de desarrollo del paquete tabla de datos, intente lo siguiente:
> Install.packages (" data.table # 148 ;, repos = " http: //R-Forge.R-project.org#148;)Aunque R-Forge no tiene una acumulación y el sistema comprueba Mac OSX en concreto, los usuarios de Mac pueden instalar y utilizar paquetes de R-Forge instalando el paquete fuente. Encontrará más información en el FAQ para Mac.
Cómo paquetes desde github
En los últimos años, muchos desarrolladores han comenzado a utilizar github como sitio de desarrollo de código. Aunque github no ofrece ninguna de las características-R específica de CRAN o R-Forge, a veces el código es más fácil de compartir con github. Así que es posible que en ocasiones obtener instrucciones para instalar un paquete directamente desde github.
En los sistemas Linux y Mac OSX operativos, instalación de paquetes desde GitHub es comparativamente fácil. Sin embargo, en Windows también debe instalar primero RTools (un conjunto de compiladores y otras herramientas para construir paquetes desde el origen). Para instalar RTools en una máquina Windows, siga cuidadosamente las instrucciones.
Realización de instalaciones de BioConductor
BioConductor es un repositorio de paquetes R y software, una colección de herramientas que se especializa en el análisis de datos genómicos y relacionados.
BioConductor tiene su propio conjunto de reglas para los desarrolladores. Por ejemplo, para instalar un paquete de BioConductor usted tiene a la fuente de una secuencia de comandos de su servidor:
> Fuente (" http: //bioconductor.org/biocLite.R#148;)A continuación, puede utilizar el biocLite () función para instalar paquetes desde BioConductor. Si no se proporciona un argumento, que acaba de instalar los paquetes básicos necesarios del proyecto BioConductor.
BioConductor utiliza ampliamente la programación la orientación a objetos con clases S4.
Leer el manual R
los " R Instalación y Administración " manual es una guía completa para la instalación y administración de R. Capítulo 6 de este manual contiene toda la información necesaria acerca de cómo trabajar con paquetes.
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